Von September 1994 bis mai 1998 wurden die 8,8 km Stadtbahnstrecke zwischen Ostbahnhof (damals Berlin-Hauptbahnhof) und Zoologischer Garten grundlegend Saniert und mit einer festen Fahrbahn versehen. Im ersten Abschnitt wurde die S-Bahn-Trasse saniert. Die S-Bahn verkehrte dabei auf der Fernbahntrasse mit weniger Halten. Nach Zurückschwenkung der (1996) erhielten die Fernbahngleise ihre feste Fahrbahn und eine Fahrleitung. Diese Maßnahmen waren mit umfangreichen Eingriffen in die Trassenführung des Fernbahnverkehrs verbunden.